密碼子使用頻率計算

研究表明,密碼子偏愛性是影響重組蛋白表達的一個重要因素。進行重組表達前,計算得到序列的密碼子使用頻率,了解該序列中某氨基酸所偏好的同義密碼子是十分必要的。在得到密碼子使用頻率后,通過與表達宿主的密碼子使用頻率表進行對比,可得到密碼子適應指數(CAI)

同義密碼子:遺傳信息在由mRNA到蛋白質的傳遞過程中是以三聯體密碼子的形式傳遞的。每種氨基酸至少對應一個密碼子,最多的有6種對應的密碼子。編碼同一種氨基酸的密碼子稱為同義密碼子。

密碼子的偏好性(Codon Usage bias):在蛋白質的合成過程中,同義密碼子的使用概率并不相同。某一物種或某一基因通常傾向于使用一種或幾種特定的同義密碼子(例如人類基因中,丙氨酸密碼子多為GCA,GCC或GCT,而GCG很少使用),這種密碼子使用頻率存在差異的情況被稱為密碼子偏愛性。

使用方法

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